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Os achados endoscópicos na DII têm um importante impacto na decisão terapêutica e prognóstico dos doentes. O score-Rutgeerts avalia a severidade da recidiva endoscópica no íleon distal/anastomose ileocolica nos doentes com DC após a cirurgia. Um score mais elevado associa-se a aumento do risco de recidiva clinica. O score-Mayo avalia a atividade endoscópica na CU. A reprodutibilidade dos scores endoscópicos é um tema com relevância crescente, porque as variações inter-individuais podem originar diferenças importantes na atitude terapêutica.