Seguindo as recomendações categorizadas segundo os critérios da Sociedade Australiana de Endoscopia Digestiva e da DGS, o Centro de Endoscopia do CHP,  instituiu em Setembro de 2012 um "Protocolo de Vigilância de Infecção em Endoscopia". Procede-se assim, a um controlo microbiológico das máquinas de desinfecção, dos duodenoscópios e ecoendoscópios e trimestral dos endoscopios altos e colonoscópios. O equipamento sujeito a controlo só volta a ser utilizado após  resultado microbiológico de "estéril".