O Blastocystis hominis foi descrito pela primeira vez em 1911. Todavia, múltiplos aspetos relativamente à sua classificação taxonómica e patogenicidade continuam por elucidar. O Blastocystis hominis é frequentemente encontrado nas fezes de pessoas com ou sem manifestações gastrointestinais, quer em imunocompetentes ou imunodeficientes. Adicionalmente, apresenta ampla diversidade genética, o que poderá explicar o grande pleomorfismo clínico, desde portadores assintomáticos a doentes com sintomatologia grave.