Estirpes multi-resistentes de Helicobacter pylori são comuns e difíceis de tratar. Neste contexto a terapêutica com doxiciclina (análogo sintético da tetraciclina) ou com rifampicina podem ser úteis. No entanto os resultados dos estudos com doxiciclina são heterogéneos e a rifampicina tem potencial mielotóxico, hepatotóxico e desenvolver estirpes resistentes de M. tuberculosis.